Die Fahrzeit von Emden nach Borkum beträgt mit der Fähre in der Regel ca. 130 Minuten und mit dem Katamaran ca. 60 Minuten (anschließend Inselbahn). Die Fahrzeit vom Eemshaven nach Borkum beträgt mit der Fähre ca. 50 Minuten, mit dem Katamaran ca. 25 Minuten (anschließend Inselbahn). Rückfahrtzeiten von Borkum gelten ab Bahnhof (die Schiffe legen ca. 25 min. später am Hafen ab).

Abfahrts- und Ankunftszeiten werden immer unmittelbar von den Naturgewalten an der Nordsee beeinflußt. Die Schiffsankünfte variieren daher um +/- 15 Minuten. Schifffahrthindernisse im Fahrwasser bedeuten ebenfalls eine Verzögerung. Gelegentlich muss beim Laden und Löschen der Fähren mehr Zeit als üblich aufgewendet werden. Einige wenige Fahrten dauern bedingt durch die Gezeiten über 2:45 Stunden.