Die Fahrzeit Emden-Borkum beträgt mit der Fähre i.d.R. etwa 130 Minuten, mit dem Katamaran ca. 60 Minuten (anschließend Inselbahn). Die Fahrzeit Eemshaven(NL)-Borkum beträgt mit der Fähre ca. 50 Minuten, mit dem Katamaran ca. 25 Minuten (anschließend Inselbahn). Rückfahrtzeiten von Borkum gelten ab Bahnhof (Abfahrt der Schiffe ca. 25 min. später).

Abfahrts- und Ankunftszeiten werden immer unmittelbar von den Naturgewalten und Gezeiten beeinflußt. Die Schiffsankünfte variieren daher um +/- 15 Minuten. Schifffahrthindernisse im Fahrwasser bedeuten ebenfalls eine Verzögerung. Gelegentlich nimmt das Laden und Löschen der Fähren mehr Zeit als üblich in Anspruch. In Einzelfällen kann die Fahrtdauer über 2:45 Stunden betragen.