Die Fahrzeit von Emden nach Borkum beträgt mit der Fähre in der Regel ca. 130 Minuten und mit dem Katamaran ca. 60 Minuten. Abfahrts- und Ankunftszeiten werden immer unmittelbar von den Naturgewalten an der Nordsee beeinflußt. Die Schiffsankünfte variieren daher um +/- 15 Minuten. Schifffahrthindernisse im Fahrwasser bedeuten ebenfalls eine Verzögerung. Gelegentlich muss beim Laden und Löschen der Fähren mehr Zeit als üblich aufgewendet werden.

Einige wenige Fahrten dauern bedingt durch die Gezeiten über 2:45 Stunden.