Die ersten Güterwagen entstanden in der eigenen Werkstatt von „Habich & Goth“ auf Borkum, ähnlich wie die Personenwagen.
Den Anfang machten ein Postwagen, ein offener und fünf gedeckte Güterwagen, die im Zeitraum von 1889 bis 1895 gebaut wurden. Für den Baustofftransport wurden außerdem offene Holzloren genutzt. 1904 lieferte der „Düsseldorfer Eisenbahnbedarf, vorm. Carl Weyer“ weitere Gepäck- und Güterwagen.

Neubauten kamen ab 1925 zusammen mit den Dampfloks und Personenwagen zur Inselbahn. Der Verkehr für die Festungsbauten ab 1935 erforderte weitere Nachbeschaffungen vor allem für Materialtransporte. Zudem wurde der Bestand an Kastenkippern auf bis zu 120 Stück aufgestockt.

Nach dem Krieg war ein großer Teil des Güterwagenbestandes reparaturbedürftig. So kam der Borkumer Kleinbahn die Übernahme von fünf Marine-Güterwagen sehr gelegen. 1960 kaufte man dann noch einmal gebrauchte Güterwagen, die für Kohletransporte eingesetzt wurden.
Nach der Sturmflut von 1962 baute die Kleinbahn ihren Kraftverkehr auf, der Gütertransport verlagerte sich auf die Straße.

Der Güterwagenpark schrumpfte innerhalb weniger Jahre auf wenige Fahrzeuge zusammen.